Rao Pikaji, ein nachgeborener und damit nicht erbberechtigter Sohn des Herrschers von Jodhpur aus dem Clan der Rathor-Rajputen, gründete die am Rande der Wüste Thar gelegene Stadt im Jahre 1488. Sie bestand zunächst nur aus einer einfachen Lehmfestung. Erst ab dem Ende des 16. Jahrhunderts bauten und erweiterten Raja Singh (1571-1611) und seine Nachfolger den heute noch bestehenden Stadtpalast, das Junagarh Fort. Erbaut aus gelbem Marmor und mit filigranen Lackarbeiten, Spiegel- und Glaseinlagen und Wandmalereien ausgeschmückt, ist das Fort heute einer der am besten erhaltenen Rajputen-Paläste.

Bekannt wurde Bikaner in Europa insbesondere durch das hier stationierte Kamelkorps, das im Ersten Weltkrieg an der Seite Lawrence von Arabiens für Großbritannien gegen die Türken kämpfte. Der Herrscher Gangha Singh (1887-1943) war als General der britischen Armee der einzige Inder, der zum Ende des Ersten Weltkrieges den Versailler Vertrag mitunterzeichnete